層流手術室的空氣凈化系統本身并沒有殺菌（fungus)功能，它是通過過濾塵埃極大限度地消除特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛附著的載體，而殘存的浮游菌及其他感染手術遺留的致病菌還會附著在醫療器具的表面及空氣中。手術室凈化采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫、濕度，創造一個潔凈舒適的手術空間環境。由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。鑒于目前百級以下的層流手術室多采用亂流潔凈室設計，所以還存在氣流循環（continue)死角，是手術室致污原因之一。
手術床墊、體位墊與手術病人接觸機會最多，術中體腔內滲出液、膿液、血液最易遺留在手術床墊及體位墊上，屬于高度危險品。手術室凈化由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。一些知名凈化工程公司，在通行標準之外，基本都設有自身執行的高于國際化通行標準的凈化指標。凈化手術室各手術室空氣凈化系統在手術室墻面四角、凈化機組、天花板、走廊、新風機、排風機都設有不同級別的過濾器，并對其進行定期清潔、維修和更換，嚴格保證室內空氣的無菌。另外，手術間踏腳凳是醫護人員術中腳踩的矮凳，多為木制，由于鞋底頻繁（frequency)接觸地面，因此污染機會較多，加之踏腳凳底部常被沖洗體腔的液體沾濕，利于特殊結構:莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛生長。
接送患者的推車同時出入有菌（fungus)區、無菌(意思:沒有活菌)區和清潔區，將大量的特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛帶入交換區，而外出的推車又將病房的特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛帶入交換區，推車上的被褥也常被手術病人的血跡、引流物污染，其他病人繼續使用時就會成為污染源。
手術室拖布是特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛（fungus)滋生源和傳播病菌的載體。由于長年潮濕加之拖布中間的缺氧(Oxygen)環境，極利于厭氧菌和銅(化學式Cu)綠假單胞菌的生長。用于清潔層流手術室地面時，勢必造成地面嚴重污染。洗器械的水池也是手術室細菌的滋生源，感染手術后的器械雖規定先用消毒液浸泡后清洗，但總有殘留的致病菌污染水池表面及下水孔周圍，再清洗其他物品時就會將細菌傳播到別處。